Structure-based computer assisted drug design
Master ChimieParcours Chimie, biologie et drug design
Description
Le cours magistral traite des points suivants : (1) Les bases de la reconnaissance moléculaire: aspects thermodynamiques et structuraux, (2) la structure 3D des protéines : définition et description, modélisation par homologie, analyse géométrique et énergétique, (3) la prédiction de l’interaction protéine-ligand par les méthodes de pharmacophore, docking, et scoring.
Des enseignements dirigés et pratiques seront réalisés en salle de ressources informatiques. Ils portent sur : (1) l’analyse d’une structure 3D de protéine de la ProteinDataBank, (2) la préparation d’une structure 3D de protéine pour le drug design, (3) et les principales méthodes de drug design pour l’identification de molécules bioactives (pharmacophore, docking, criblage virtuel)
Compétences visées
L’étudiant devra être en mesure de :
- Exécuter des tâches simples en biologie structurale en utilisant des outils informatiques spécialisés
- Visualiser et interpréter la structure tridimensionnelle d’une protéine
- Utiliser la notion de similarité entre protéines et poches d’interaction pour inférer des propriétés concernant une nouvelle protéine (structure par homologie, chémogénomique)
- Identifier et classer par importance les interactions cible thérapeutique / molécule bioactive.
- Construire et utiliser un pharmacophore
- Exécuter et évaluer un re-docking, un cross-docking
- Réaliser le criblage virtuel d’une chimiothèque par docking ou par l’approche pharmacophore.
- Exploiter les informations structurales pour proposer des modifications chimiques sur un ligand
- Elaborer et gérer un projet de découverte de molécule bioactive en équipe