Description

L'objectif de cette matière est d'apprendre à représenter des structures moléculaires 1D, 2D et 3D par ordinateur, et à manipuler des bases de données chimiques (stockage et recherche de structure).

Contenu :

Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.

Chaînes SMILES, InChi et SELFIES. Empreintes moléculaires.

Pharmacophores.

Formats MOL, SDF, RXN et RDF

Descripteurs moléculaires.

Encodage « one-hot ». Représentations moléculaires apprises.

Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.

Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky.

Métriques Euclidienne et de Manhattan.

Recherche par similarité.

Outils pour analyser et manipuler de données chimiques.

Travaux pratiques avec des logiciels de chémoinformatique (par exemple, ChemAxon)

Compétences visées

Créer et/ou de gérer des données chimiques en utilisant les logiciels commerciaux et publiques.

Connaitre les algorithmes principaux de calculs des descripteurs moléculaires

Choisir et utiliser les principales méthodes de recherche de données chimiques (recherche par structure/sous-structure et/ou par similarité)

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Alexandre Varnek