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Chemoinformatics 3

  • Cours (CM) 16h
  • Cours intégrés (CI) -
  • Travaux dirigés (TD) 8h
  • Travaux pratiques (TP) -
  • Travail étudiant (TE) -

Langue de l'enseignement : Anglais

Description du contenu de l'enseignement

Méthodes d’apprentissage automatique. Similarité et diversité de molécules. Chimie combinatoire théorique. Notion de l’espace chimique
  • Concept de l’espace chimique. Arbres de châssis moléculaires. Paires moléculaires correspondantes
  • Méthodes de visualisation et d’analyse de données chimiques : cartes de Kohonen, cartes topographiques génératrices.
  • Criblage virtuel. Filtres (les règles de Lipinski et autres) et alertes structurales. Docking d’un ligand dans une protéine. Fonctions de score. Evaluation des performances d’un criblage.
  • Préparation de chimiothèques. Méthodes d’analyse de groupements d'objets chimiques : clustering hiérarchique et non-hiérarchique. Génération de chimiothèques combinatoires. Chimiothèques "ciblées" et "diversifiées".
  • Travaux pratiques avec les logiciels ISIDA-GTM et LigandScout.

Compétences à acquérir

  • Analyser un jeu de données chimiques à l’aide des méthodes « Arbres de châssis moléculaires » et « Paires moléculaires correspondants ».
  • Visualiser l’espace chimique d’un jeu de molécules en utilisant les cartes SOM ou GTM.
  • Effectuer un criblage virtuel en utilisant les filtres, les pharmacophores, le docking.
  • Préparer une chimiothèque ciblée ou diversifiée.

Contact

Faculté de Chimie

1 RUE BLAISE PASCAL
67008 STRASBOURG
0368851672

Responsable

Alexandre Varnek


MASTER - Chimie