Le Master est organisé en 4 semestres selon le schéma suivant :

| Le semestre 1 est consacré à la chémoinformatique, mutualisé avec des modules de la spécialité de Master Chémoinformatique de Strasbourg. | Le semestre 2 est consacré aux approches de bioinformatique structurale, en parti mutualisé avec le Master-1 « Biologie-Informatique » de Paris Diderot et complété par des modules de professeurs européens. |
| Le semestre 3 est consacré aux approches « Drug Design et criblage » sur Paris 7 (convention de collaboration avec Paris 5). | Le semestre 4 correspond à un stage Erasmus en Europe de 6 mois, en laboratoire ou en entreprise. |