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Chemoinformatics 1

  • Cours (CM) 16h
  • Cours intégrés (CI) -
  • Travaux dirigés (TD) 8h
  • Travaux pratiques (TP) -
  • Travail étudiant (TE) -

Langue de l'enseignement : Anglais

Description du contenu de l'enseignement

Représentation de structures par ordinateur. Bases de données en chimie.
  • Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.
  • Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires. Pharmacophores.
  • Formats MOL, SDF, RXN et RDF
  • Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.
  • Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky. Recherche par similarité simple et par une fusion de données
  • Bases de données populaires : CAS (SciFinder), Reaxys, ChEMBL, PubChem, ZINC, ChemSpider
  • Outils de ChemAxon pour analyser et manipuler de données chimiques et pour créer une base de données chimiques.
  • Travaux pratiques avec les logiciels Marvin, Standardizer et InstantJChem (ChemAxon).

Compétences à acquérir

  • Créer et/ou de gérer des bases de données chimiques.
  • Rechercher des structures dans une base de données en combinant différents types de requêtes(par structure/sous-structure/similarité entre autres).

Contact

Faculté de Chimie

1 RUE BLAISE PASCAL
67008 STRASBOURG
0368851672

Responsable

Alexandre Varnek


MASTER - Chimie