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Chemoinformatique du médicament

  • Cours (CM) 7h
  • Cours intégrés (CI) -
  • Travaux dirigés (TD) 2h
  • Travaux pratiques (TP) 12h
  • Travail étudiant (TE) -

Langue de l'enseignement : Français

Description du contenu de l'enseignement

Les chapitres suivants seront traités en cours magistral : (1) les chimiothèques et sources d’informations relatives aux molécules bioactives, (2) la représentation moléculaire (format en ligne, table de connectivité), (3) les descripteurs et empreintes moléculaires, (4) la similarité et la diversité moléculaire, (5) la prédiction de propriétés moléculaires et (6) l’importance de la chemoinformatique dans le « drug design » Des enseignements dirigés et pratiques seront réalisés en salle de ressources informatiques. Ils portent sur : (1) la recherche dans des banques de données, (2) l’analyse de formats de fichiers (mol, SD, smiles), (3) le calcul de descripteurs et la recherche de similarité, (4) la création et l’analyse de chimiothèques et (5) la création d’un modèle prédictif.

Compétences à acquérir

A l’issue de cette UE les étudiants doivent être capables de :
  • Planifier une synthèse avec scifinder.
  • Relier l’information chimique et l’information biologique à partir de données publiques (Drugbank, PubChem, chEMBL).
  • Reconnaître et interpréter des formats électroniques moléculaires courants tels que le SMILES ou le SDF.
  • Calculer une mesure de similarité entre deux structures chimiques
  • Comprendre le sens de descripteurs moléculaires courants tels que LogP, LogD, TPSA ou des alertes structurales
  • Suivre des règles pour calculer des descripteurs moléculaires et des empreintes moléculaires
  • Utiliser des mesures de similarité pour rechercher des structures chimiques apparentées
  • Utiliser des mesures de similarité pour estimer la diversité d’un ensemble de structures chimiques
  • Utiliser des descripteurs moléculaires et des empreintes moléculaires pour construire un modèle QSAR
  • Valider un modèle QSAR
  • Utiliser un modèle QSAR pour estimer les propriétés de nouvelles molécules
Ces compétences théoriques et pratiques sont directement applicables dans des projets de chimie médicinale. Dans
une perspective professionnelle élargie, l'étudiant comprendra l’importance des aspects théoriques dans les phases
de recherche et développement dans l’industrie pharmaceutique (lors du criblage à haut débit, et dans la sélection et
l’optimisation de touches)

Pré-requis obligatoires

Notions fondamentales de chimie générale (structure de Lewis, électronégativité, polarisabilité, solubilité, …).

Contact

Faculté de Pharmacie

74 ROUTE DU RHIN
67401 ILLKIRCH-GRAFFENSTADEN
0368854110

Responsable

Gilles Marcou

Esther Kellenberger

Alexandre Varnek


MASTER - Chimie